近年来，北京银行的金融资本净额一直处于上升态势，2018年年末，该行的资本净额达到2375亿元，较上年同期扩展了8.1%，核心一级资本净额和一级资本净额均得到了提升，分别较上年同期增加了11.21%和10.08%。
截至去年年末，该行的核心一级资本充足率（集团口径，下同）、一级资本充足率、资本充足率分别为8.93%、9.85%和12.07%，其中一级资本充足率同比上升了0.01个百分点，据千讯咨询发布的的《中国金融市场前景调查分析报告》显示，该行的各项资本充足率指标均高出金融监管对非系统性重要银行资本充足率指标的要求。
近年来北京银行多次发行资本债券来补充银行资本金，其中就包括2010年发行的65亿次级债券和2015年发行的90亿元二级资本债券。今年3月，北京银行公布了非公开发行优先股的预案，该行拟发行总数不超过4亿股的优先股，募集资金总额不超过人民币400亿元，此次发行所募集的资金将用于补充该行的其他一级资本。
在资产质量方面，北京银行坚持以“严控增量、化解存量”为抓手，加大不良“双控”力度，建立动态化、差异化风险跟踪督导机制。建成了国内银行业首家风控指挥中心，截至2018年末，该行的不良贷款率为1.46%。北京银行的不良率在上市城商行中处于较低的水平，拨备覆盖率为217.51%，虽然较上年同期有所下降，但仍高于同业水平。北京银行2019年的一季报显示该行的资产质量稳中向好，截至今年第一季度末，该行的不良贷款率为1.4%，较去年年末下降了0.06个百分点。