一方面是随医疗费用“水涨船高”而增加的基金支出，另一方面是持续攀升的城镇职工医保（中国社保医保卡行业发展研究报告）增收压力，医保基金“穿底”危机不容小觑。
日前，人力资源和社会保障部新闻发言人李忠日前在新闻发布会上证实了这一风险的存在。在回应媒体此前的报道“医保基金结余畸高7000亿花不出去”时，李忠表示，目前医保基金结余地区分布不均：比如说在一些劳动力流入的大省，由于人员年龄结构的问题，人员构成可能比较年轻，比如深圳医疗保险的支出相对较少，结余比较多。另外有一些省比如北京、天津，医保基金收支基本是平衡的。还有相当一部分的省其实已经出现了当期支大于收的状况。
对此，一位专家猜测，虽然从省一级的统筹层次看，医保基金缺口不明显，但同一省内各地情况并不平衡，收不抵支可能发生在市一级。以广东省为例，广东省人社厅厅长林应武近日表示，截至2013年，广东省城镇职工基本医疗保险基金结余1154.04亿元，但目前医保基金结余很不平衡，87%集中在珠三角7个市，而其他14个粤东西北欠发达地区基金结余仅占了全省的13%。
中央财经大学教授褚福灵认为，各省公开数据之所以未有收不抵支，与统计口径有关。职工医保基金实行社会统筹和个人账户相结合的制度，统筹基金现收现付，而个人账户则是储蓄性质，归个人所有，这部分钱大概占医保基金全部结余的四成。因此，如果仅从统筹基金看，有些地区可能已经出现了当期收不抵支的情况。
李忠表示，随着新医改的逐步推进，保障水平的逐步提高，各项制度的逐步完善，特别是推出了大病保险等政策，医疗保险基金现在支出的增幅已经高于收入的增幅。从近两年的数据看，支出的增幅都高于收入增幅5个点以上。按照这种趋势，目前的医疗保险统筹基金结余已经越来越接近于6-9个月的标准。
尽管短期资金无虞，但长期来看种种“控费”手段，虽可缓解眼前的赤字压力，却无法解决医保结构性问题。据了解，北京、上海等大城市可通过吸纳年轻的外来就业人口暂时缓解医保支付压力，但这种做法只是利用大城市的资源优势，转移了代际矛盾，而不是将之消解。