我国是畜牧大国，受宏观经济发展、食品安全意识提升，以及养殖业集约化和规模化发展等因素影响，我国兽用原料药行业逐渐呈现产业规模化、管理精细化、服务一体化、品牌集中化的发展趋势。但千讯咨询发布的中国兽用原料药市场发展研究及投资前景报告显示，兽用原料药行业在发展中依然存在很多问题，环境污染问题较为突出。
1.产品结构不合理。当前，我国兽用原料药企业数量虽然较多，但大多数企业效益低、规模小，兽用原料药企业存在重复建设的情况，产能利用效率较低。在经济新形势下，兽用原料药产品同质化严重、结构不合理，产品种类不丰富，品种同质化严重，文号闲置率较高，产品质量存在一定问题。
2.市场秩序不规范。当前，在我国兽药行业中，不规范使用兽药、不规范经营生产的情况依然存在。伪造生产编号、假冒非法生产、地下窝点和不按照行业标准生产的行为依然屡禁不止。一些非法商贩利用网络途径销售劣质兽药，对行业的有序发展带来了恶劣影响。一些企业从业人员综合素质较低，缺少专业的技术以及科研人员。在养殖过程中，养殖户盲目滥用兽药，使用违禁药物的情况在某些地方依然存在。
3.自主创新能力不强。研发不深入、目标不清晰，未结合自身技术、特点、设施设备优势等；研发成果与市场需求匹配度不高，一些新产品市场无需求，无法转化成产品，无法取得经济效益，科研单位与生存企业相比。研发产业结合度不佳；兽用原料药研发、生产工艺水平有待提高。
4.监管体系不健全。我国虽然针对兽药产业出台了相关的法规条文，但是现行的规章制度已经无法满足兽药产业的发展，依然存在监管体系不健全、监管制度不完善等问题。同时，一些地区兽医管理人员的能力和数量难以满足工作要求，特别是基层监督执法队伍存在能力不足、职责不清的问题，对兽药行业的稳定发展带来影响。目前对兽药行业从严管理已经成为监管部门的共识，也将成为行业常态。
5.缺少科技创新动力。当前，兽用原料药行业缺乏科技创新动力，兽用原料药企业更加注重生产和效益，对研发缺乏足够的热情，科研项目也没有及时转换为实际成果。同时，一些企业根本没有在研发中投入资金，导致产品种类单一、质量停滞不前。虽然部分企业设置了专职的兽用原料药研发机构，但是也存在重复研究和盲目研究的情况，导致科研资源大量浪费。
6.环保成本加大
兽用原料药的生产对环境污染非常严重，这是国内相关企业普遍存在的问题。在我国原料药产业在世界市场上的地位日益提高的同时，如何协调成本优势与环保难题成为一个必须正视的问题。我国现在很多大宗的原料药产品基本上都是国外逐步放弃生产的品种。放弃的原因是因为中国生产这些产品的成本已经有了绝对优势。另外就在于国外对环境保护的要求比较高，这些产品不能适应当地对环保的要求。
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