国六排放标准执行后，所有销售和注册登机的车辆必须满足国六排放标准的要求，对于排放标准以下的车辆将禁止销售、注册和转入，以上只是针对新车以及异地车辆迁入，对于二手车交易以及过户并不做规定限制，由各地方自行制定相应准入标准。国六标准实施对限迁影响有限，但对限牌城市会产生一定的影响。按照现在政策，大部分地区国五标准车型是可以异地流转的。
不过，一部分地区率先实施国六排放标准后，“国五”排放地区的车源将不能再迁入国六排放地区。二手车的流通性下降了，千讯咨询发布的《中国销售市场前景调查分析报告》显示，二手车商在收车时的销售价格也会相对降低。本地二手车国五以下车辆流出明显，北京外迁比例高达50%以上，而其他地区流通的国五二手车也有部分是“流入”的，尤其是中高端车。国六标准实施后，二手车自行流通的程度和价钱就会出现问题，不只二手车运营者面对“货源干涸”，竞争激烈，消费者也将面对二手车价钱“政策性贬值”问题。
此外，由于限牌城市要求较为严格，一些车商在收车时更为谨慎，尤其是一些高档的二手车源。一些高档二手车货源来自外地而并非限牌城市。如果这些二手高档车不符合新的排放标准就无法上牌，这对车商来说也是一种打击，他们在选择二手高档车时会暂停一些渠道的收购，不会选择三年以上的高档车，否则会影响销量。而对于限牌城市国五标准以下的车型，会迁往其他地区，一些国三以下的车型只能迁往西北等地区，这就会使价格大幅降低。
从某种程度上说，国六的到来，促使二手车行业进行一次重新洗牌。一旦国六执行标准对新车与二手车一视同仁，对本地二手车带来的冲击难以避免。以广州市经销商为例，由于外购车源严重受限，他们的客源只能集中在本地消费者方面。因此，这将对经销商在本地的品牌沉淀及口碑是一个极大的考验。对于平时没有注重品牌口碑的企业来说，国六无疑会带来阵痛，相反，对于那些已经形成了稳定消费群及品牌口碑的大型车行，将会显示出更强的竞争力。