根据最新的规划，深圳铁路客运车站布局从原来的“两主三辅”变为“三主四辅”，包括深圳北、西丽、深圳站及深圳东、福田、深圳机场、深圳坪山站等。规划年度内深圳枢纽将逐步形成衔接广州、赣州、汕尾(厦门)、茂名、香港等方向，广深港、赣深、厦深、深茂高铁、广深铁路等干线和穗莞深、深惠、虎龙、深珠等珠三角城际铁路引入的“双十字”放射形枢纽。
千讯咨询发布的《中国铁路市场前景调查分析报告》显示，深圳与粤港澳大湾区内其他城市的铁路连接将更为紧密。批复报告中虽然没有明确城际铁路，但是在规划总图中却划出穗莞深、深惠、深珠以及深汕城际铁路线位走向。其中，穗莞深城际铁路今年将通到深圳机场，规划图中明确该线路将南延至前海。深惠城际大致走向是西丽-坂田-平湖-龙岗-坪地-惠阳-仲恺-惠州站，深珠城际则由西丽站向西引出、跨越珠江、延至珠海。此外，总图中还有一条连接深圳、东莞、广州和中山的虎龙城际，大致走向是坪山-龙岗-凤岗-塘厦-松山湖-长安-南沙-中山。
从空间布局、基础设施、产业发展等方面对粤港澳大湾区的中长期建设规划进行了明确。据悉，粤港澳大湾区铁路交通网规划项目总计26项，总里程达3133公里，呈现出“四向拓展、三级三轴放射”的格局。到2035年，深圳市区与外围中心之间将实现45分钟通达，与珠三角其他城市主要中心间实现60分钟通达，同时，公共交通占机动化出行比例达到70%，建成零距离换乘、无缝化衔接的国际性综合交通枢纽。
广深港高铁香港段、港珠澳大桥、近日通车的南沙大桥以及有望在今年开通的莲塘口岸，粤港澳大湾区的大型基建项目建设正在不断提速。除了铁路，《粤港澳大湾区发展规划纲要》明确提出建设世界级机场群，并从多枢纽协同、空域优化、设施扩建以及临空经济发展等多领域为世界级机场群建设指明了方向。就在今年3月，珠海航空城（机场）集团首次对外公布，年内将动工建设珠海机场综合服务中心及T2航站楼，以适应近年来该机场旅客吞吐量的“井喷”式增长。刚刚过去的2018年，珠海机场迎客首次突破千万级大关，成为粤港澳大湾区第四个迈入“千万级俱乐部”的大机场。加快推进深圳前海、广州南沙、珠海横琴等重大平台开发建设。与此同时，支持在深圳前海设立口岸，研究加强与香港基础设施高效联通。