对标国外先发的大城市群，为从源头上提高长三角区域货运效率、降低成本，同时有效控制区域移动源污染排放，应该从多方面着手改变现状。加快推进长三角地区铁路路网建设，提升对内对外运输能力。目前铁路网布局主要集中于上海、南京、杭州、合肥为核心的周边地区，苏北、皖北、皖南及浙江境内沪昆线以南、以北地区仍存在一定路网空白，特别是货运这一块。
千讯咨询发布的《中国铁路市场前景调查分析报告》显示，既有货运铁路仍是客货共线运营，京沪、沪昆、京九、陇海、华东二通道等铁路能力利用率已接近或超过100%，运输能力严重不足，极大制约了区域之间和对外的货物运输。紧密结合江浙沪地区产业结构转型升级需求，以及安徽承接产业转移的天然优势，积极推进打通沿海通道，补强沿江通道，提升皖南地区和苏中、浙北地区的铁路运输能力。将来如果海铁联运的话，这些没有铁路网的地方也搞不起来。
大力推动铁路进港，完善区域内多式联运网络建设。加强长三角地区铁路港站建设和自由港区或保税区建设发展规划统筹，积极引入直装理念，努力推动海铁联运零中转，为国际集装箱海铁联运中转作业提供高效、便捷、经济的运作环境。
同时，加快推动港口部门和铁路部门共同投资集装箱场站建设，形成以沿海、内河港口为结点，以铁路内陆车站为辐射，以公路运输为补充，充分发挥各种运输方式优势的集装箱多式联运网络，促进长三角地区海铁联运、水铁联运业务的大幅提高。建议成立长三角地区海铁联运综合协调监管机构，引入海铁联运经营人，促成铁路提供外贸集装箱“港到门”服务，并适时构建区域海铁联运企业联盟。