2018年，深圳港在继续保持全球唯一吞吐量超10亿吨港口的地位的同时，集装箱吞吐量首次超过2600万标准箱。与此同时，深圳市港航和货运交通管理局向广东海丝研究院研究员确认，深圳港2018年集装箱吞吐量为2573.59万标准箱。
这也意味着，尽管取得了同比2.09%的增长，千讯咨询发布的《中国港口市场前景调查分析报告》显示，深圳港却要正式将“全球第三大集装箱港口”的位置让给宁波-舟山港。实际上，近年来受珠三角产业变迁、广州港发展迅猛、国际贸易格局变化等外部因素，以及港城矛盾突出、后方陆域用地不足等内部因素的共同影响，深圳港正逐步进入转型升级的关键时期。
而在城市产业的转型升级与外需变化等多重压力下，深圳港在“升级之路”上的步伐亟需加快，深港合作将是重点。深圳市市长陈如桂1月18日在深圳市第六届人民代表大会第七次会议上指出，将打造大湾区国际综合交通枢纽，规划建设深圳港内陆港，推进深港引航互认，推动开设深港海上旅游航线。
从港口发展的角度看，深圳港首先希望强化其作为华南地区集装箱枢纽港的地位；其次，港口希望配合深圳市节能减排政策，向未来绿色港口发展；第三，深圳港希望发展港口智慧化，这既包括港区作业的智能自动化，也包括港口运营管理及监管、服务的智慧化，尤其是单一窗口的建设。
深圳具备一个优良港口所必需的区位优势和自然条件：位于华南沿海、珠江东岸，毗邻香港、背靠珠江三角洲；此外，海岸线长度达到257km，东拥大鹏湾、大亚湾，西邻珠江口。