工程建成后，长江口在现有12.5深水主航道的基础上，新增一条长86公里、水深6.0米、宽度600米-1000米的优质辅助航道。该航道可满足5000吨级船舶满载乘潮双向通航，1万吨至2万吨级船舶减载乘潮通航和大型空载船舶下行乘潮通航。届时，长江口航道将形成北主南辅、相得益彰的良好态势，其总体通过能力将全面提升，从而为“一带一路”建设、长江经济带、长三角区域一体化发展等国家战略深入推进提供更为强劲的航运支撑。
据悉，长江口上起上海徐六泾、下迄入海口，长江干流经三级分汊，形成了四个入海口，其中的第三级分汊形成了一北一南两个航槽。目前北槽已经建成为12.5米深水航道，并上延至南京，是长江口的主航道。按照长江口航道“一主两辅一支”的总体规划，南槽是辅助航道之一，千讯咨询发布的《中国船市场前景调查分析报告》显示，也是中小型船舶进出长江的主要通道。
近年来，长江黄金水道建设快速推进，通航能力持续提升。特别是长江口12.5米深水航道建成后，发挥了巨大的工程效益。2017年，通过长江口的货运量13.66亿吨，与2011年相比年均增长5.3%。快速增长的长江航运有力支撑了沿江地方经济社会发展，为国家东西双向、陆海统筹高质量对外开放发挥了关键的桥梁和纽带作用，黄金水道服务“一带一路”和长江经济带等国家战略的能力和水平全面提升。
随着进出长江口船舶数量日益增多，通航密度越来越大。为确保长江口主航道深水深用和高效安全的通航秩序，管理部门禁止实际吃水小于7米的货轮在12.5米深水航道及两侧水域内航行，这使得大量中小型和空载船舶分流到南槽航道通航。数据显示，2017年7月-2018年6月，通过长江口船舶达25.1万艘次，其中南槽航道通过17.5万艘次，占比71.1%，南槽航道航宽不足、水深不够的问题日益凸显。据海事部门统计，长江口安全事故中42%发生在南槽航道。
对此，交通运输部按照交通强国建设总体部署，加快构建沿江综合立体交通走廊，积极扩大有效投资，补齐水运基础设施短板，决定实施长江口南槽航道一期工程。