飞行汽车目前最大的挑战依旧是硬件的革新，这是系统化的挑战，任何技术来到这个领域，都要很好地进行整合。其中，电池是飞行汽车需要首要面对的问题。目前飞行汽车电池的供电能力还不够持久，“依据电池耗电，飞行汽车可承受的使用人数为2-5人。预计电池研发进度将以每年8%的速度增长。”
同时还有机身设计的挑战。适应空气动力学的飞行需要流线型机身以减少整体飞行阻力，尤其是底盘部分。千讯咨询发布的《中国汽车市场前景调查分析报告》显示，汽车形态要求底盘厚重且平坦，以保证路面行驶的平稳性以及路面适应性，但是对于飞行形态而言，平坦的底盘不符合飞行的阻力最低原理。
此外，当前飞行汽车起降时，大多需要几百米长的平整滑道，这在一定程度上限制了其用途。噪音问题也有待解决，大众对这个行业的接受度是非常重要的，目前仍需探讨什么等级的噪声可以被大众接受。
飞行汽车成本的居高不下，也对其普及造成了困难。根据公开资料显示，Aeromobil飞行汽车计划售价为160万美元，Liberty飞行汽车首批限量款车型的零售价为49.9万欧元(约合391.5万人民币)。即便是相对便宜的吉利旗下Transition，其售价预计至少也是29万美元，约合人民币200万元。
现在飞行汽车的需求量非常重要，只有需求上去了，价格才可能降下来。如果在社区中小范围分享飞行汽车，人均成本可以相对少一些，也可以让飞行汽车更好地进行推广，这是我们看到的一种商业模式。但最重要的，还是未来需求数量的提升。