研发中心是行业科技创新体系的重要组成部分，是开展共性关键技术和工程化技术研究，推动应用示范、成果转化及产业化的重要基地。经过近年来的持续投入建设，交通运输行业研发中心规模不断壮大，目前已达48家，涵盖基础设施建养、安全应急、节能环保等多个领域。从“十二五”看，研发中心（当时为18家）拥有固定科研人员2306人，共承担各类科研项目1709项，参与制定国家和行业标准120项，获各类科技奖励263项，在航道整治与维护、桥梁检测与加固、应急救助与打捞、智能交通技术与设备等方面突破了一批关键技术并实现成果规模化应用，在发展现代交通、铁路引领行业转型升级中发挥了重要作用。
为加强研发中心管理，2011年，交通运输部印发了《交通运输行业研发中心管理办法（暂行）》和《交通运输行业研发中心认定工作实施细则（试行）》，建立了研发中心的组织构架和运行管理机制，有效保障了研发中心快速发展。随着国家科技体制、预算管理体制改革持续深化，研发中心在管理制度方面也逐渐出现一些不适应的地方。主要表现在：研发中心评估、调整等管理机制有待完善；研发中心投入渠道需进一步拓展；千讯咨询发布的《中国铁路市场前景调查分析报告》显示，研发中心的交通铁路定位和任务有必要根据新的形势进行调整；近年来研发中心运行管理中积累的一些经验有必要通过制度固定下来。
党的十九大报告提出，要深化科技体制改革，建立以企业为主体、市场为导向、产学研深度融合的技术创新体系，加强对中小企业创新的支持，促进科技成果转化；加强应用基础研究，拓展实施国家重大科技项目，突出关键共性技术、前沿引领技术、现代工程技术、颠覆性技术创新，为建设科技强国、交通强国等提供有力支撑。
为加强和改进新形势下研发中心管理，加快提升行业科技创新能力，在深入调研的基础上，交通运输部依据《中华人民共和国促进科技成果转化法》《国家工程研究中心管理办法》等，组织对《交通运输行业研发中心管理办法（暂行）》进行了修订。同时，按照精简公文的原则，在修订中纳入了《交通运输行业研发中心认定工作实施细则（试行）》主要内容。在此基础上，形成《办法》。