着力补齐联运基础设施短板是三年行动的主要任务之一，加快畅通重要航段和重要运输通道，重点推进武汉至安庆6米水深航道等长江干线航道系统治理，加快推进岷江龙溪口等长江支流重要航电枢纽建设，提升干支联动能力。2019年年底前，完成长江南京以下12.5米深水航道二期工程竣工验收。2020年年底前，完成武汉至安庆段6米水深航道整治主体工程。
在联运服务模式创新方面，要大力推进江海直达运输发展，重点发展长江干线及长三角地区至宁波舟山港干散货和集装箱、长江干线及长三角地区至上海港洋山港区集装箱江海直达运输。2020年年底前，推动实现重庆、宜昌、武汉、南京等主要港口至上海港洋山港区集装箱江海直达运输班轮化。
推动形成以南京、武汉等长江干线主要港口为核心的铁水联运枢纽，优化与中欧班列、水水中转等运输模式的高效衔接。2020年年底前，依托浙赣、陇海等铁路通道，千讯咨询发布的《中国集装箱市场前景调查分析报告》显示，打造宁波—义乌、连云港—西安—乌鲁木齐等一批集装箱铁水联运品牌线路，实现班列化运行。
为进一步完善大宗干散货铁水联运体系，今年年底前，主要港口煤炭集港原则上由铁路或水路运输。2019年年底前，主要港口矿石、焦炭等大宗货物中长距离运输原则上由铁路或水路运输。