要采取资本化、港口市场化的方式“温和”地进行，而不是过度发挥政府的推动作用，硬性地整合。通过增资扩股、参股等方式（整合），以平衡各方的利益，这也是国际上不少港口整合先例所采取的传统模式。若以收购这样较强硬的方式来进行整合工作则不是明智之举。收购是一个市场的行为，背后有政府在推动，这样做的效果不太好。
千讯咨询发布的《中国港口市场前景调查分析报告》显示，从广州港的角度来说要如何增强自己在整合其他港口资源中的说服力，并且以温和的方式完成难度较大的整合工作呢？广州港和省内各港口的合作在过去几年已有苗头。在2016至2017年间，其已经陆续与东莞港、珠海港等港口签订战略合作协议，打造组合港。广州港与东莞港务集团将以共建优势互补、资源共享的穗莞航运体系；而广州港和珠海港将在码头业务、大宗散货物流配送以及融资租赁等方面开展多方位合作。
先前的组合港合作有助于港口间分别重新定位和分工，与港口整合的思路相符，港口间可以以货物类别进行功能区分。大湾区整合以后，散货（如煤和矿）的运输要更好地利用高端港和深水港。以珠海高栏港为例，因珠海制造业不是特别发达，所以认为大型散货可以到高栏港去，然后广州港可以和它做一个很好的配合。
除了货物类别外，在多个港口都同样以集装箱运输为主要业务的情况下，也可根据集装箱货值和货品性质的不同来对港口进行分工。林江认为，有些货物货值很高，或者对运输时间特别敏感，各港口可以根据自己本身货物的情况来给自己定位。比如南沙港可以处理货值比较高的集装箱，东莞处理稍微低一点的，收费也不一样，给客户选择。