2015年和2018年，广州先后两次出台的“建设广州国际航运中心三年行动计划”中，就均将“港口基础设施不足”视为突出不足。作为应对，近年广州也加速补齐短板，包括完成深水航道拓宽工程一期、建成投产南沙港区三期6个15万吨级集装箱泊位等。
但这仍不够，未来基础设施建设仍将成为广州国际航运枢纽建设的重点。近年广州港吞吐量大幅增长主要得益于码头建设和改造提升，基础设施建设是广州航运中心建设的核心。从部署上看，广州计划到2020年基本建成南沙港区四期、南沙国际邮轮码头、新沙港区二期工程和南沙港铁路等，港航相关项目计划投资1000亿元。
千讯咨询发布的《中国集装箱市场前景调查分析报告》显示，广州在港航基础设施建设中更突出集装箱新技术融合应用。上述官方文件也曾指出，广州智慧港航建设步伐不够快，自动化、智能化等新技术应用有待加快推进；口岸综合通关效率与国际先进航运中心相比尚存在差距。
正与国内外先进科技企业合作，深度结合互联网、新能源智能汽车和大数据及云计算等科技，自主创新第五代自动化集装箱码头技术。这一自动化方案将被应用于今年启动建设的南沙四期码头之中。
目前，作为先导工程的南沙三期远程控制半自动化项目已逐步实施，并初现成效。经过改造，集装箱的吊装作业无需再由工人在一线“一对一”操作，而是在后端控制平台上实现远程操控，并且人工仅需操作若干简单工序，其余均由电脑自动完成，效率颇高。