在部分港口城市，影响城市空气质量的主要因素是船舶和港口、港区污染，甚至占到当地空气污染物总量的一半以上。绿色港口建设不仅是港航交通需求，也是港口城市兴起对环境质量的要求。“随着工业化经济加速，港口迅速扩张，港口及港口周边的人口数量越大，对环保的要求越高。”
千讯咨询发布的《中国港口市场前景调查分析报告》显示，港口的绿色建设可以分为建造期的绿色环保和运营期的绿色环保，从另外一个维度可以分为大气的绿色环保（更针对陆上）和海洋的绿色环保。而从实操上看，港口的绿色建设是一个庞大的系统工程，类似《方案》这样的非强制性文件尽管有指导性意义，但是否能够贯彻落实还不得而知。但是各个港口的情况不一样，执行起来也很难落到实处。例如能源结构方面，对岸电的建设比例提出要求，但是使用的周次、市场和电量都没有具体量化，也难以统一标准。
而另一方面，政策的制定出发点固然是好的，但路径是否一定恰当也尚存疑点。例如，岸电对绿色港口建设有利，但岸电的成本和效率是否合适也并不确定。绿色港口的建设标准应该对港口排放的颗粒物、二氧化硫和氮氧化物等指标作出限制，但那显然需要多部委、多方的通力合作才能达成。
绿色港口建设不仅需要港口的努力，也需要船舶企业等相关方共同参与。对船舶排放的控制很难从一个区域港口提出要求，尤其是很多港口停靠的都是国际船舶，企业层面的行为管理比较难。在国外的先进港口管理中，绿色港口通常在“可持续发展”或者“企业社会责任”下，例如新加坡港，有绿色船舶、绿色港口、绿色能源，以及绿色科技项目。
鹿特丹港对于清洁船只有港口费用的折扣，也有碳排排放跟踪以及碳储存的项目。相对于国外，主要的挑战还是在于企业自主的环保动力，在没有政策强行规定的情况下如何节能减排，绿色发展。