尽管通用航空企业数量不断增多，且继续保持快速增长的态势，但是大多数通航企业经营连年亏损却是绕不过去的一道槛。事实上，近几年来，关于通用航空企业半数亏损乃至60%、70%亏损的话题从没有消弭过。而在北京潞州通用航空有限公司执行总经理张金鹏看来，可能情况更严重，有80%、90%的通用航空企业处于亏损状态。
他们公司目前也处于亏损状态，但由于他们一直以来都是按照市场化规律运行，公司总体上还处于正常运转。他分析，一方面是公司目前规模还不大，飞机数量和员工数量都较少，总体经营成本相对较低;另一方面是在做好直升机培训主业的同时，不断拓宽业务渠道，在飞机体验、婚庆、旅游等方面做了许多努力，获得了一些回报。
千讯咨询发布的《中国航空市场前景调查分析报告》显示，现在做通用航空的公司绝大部分都不赚钱，一年亏损几十万、几百万甚至数千万元很常见。他直言不讳地说，他们并不太关注赚钱问题，因为他们背后是大型国有企业，本身就不指望通过通航公司赚钱，只需要帮助集团维护好客户的关系。另外，也有一些企业为了融资需要，买几架飞机装点门面，不指望通航公司赚钱。
通航产业还处于初期发展阶段，由于成本较高、盈利难，依赖补贴一直困扰着行业的发展。实际上从新三板通航企业的经营状况也能看出通航企业经营的困境。共有12家新三板挂牌通航企业公布了2017半年度报告，其中6家企业报告期内处于亏损状态。