《关于推进长江经济带绿色航运发展的指导意见》到2020年，初步建成航道网络有效衔接、港口布局科学合理、船舶装备节能环保、航运资源节约利用、运输组织先进高效的长江经济带绿色航运体系。
其中，行业污染物排控制方面，千讯咨询发布的《中国船市场前景调查分析报告》显示，船舶污染物全部接收或按规定处置;长三角水域船舶硫氧化物、氮氧化物、颗粒物与2015年相比分别下降65%、20%、30%;船舶使用能源中液化天然气(LNG)占比在2015年基础上增长200%;新建大型煤炭、矿石码头堆场100%建设防风抑尘等设施;主要港口90%的港作船舶、公务船舶靠泊使用岸电，主要港口和排放控制区内50%的集装箱、客滚、邮轮、3000吨级以上客运和5万吨级以上干散货专业化泊位具备向船舶供应岸电的能力。
同时，提出6个方面、17项任务要求，包括完善长江经济带绿色航运发展规划、建设生态友好的绿色航运基础设施、推广清洁低碳的绿色航运技术装备等。严格执行船舶强制报废制度，加快淘汰高污染、高耗能的客船、老旧运输船舶、单壳油轮和单壳化学品船。进入内河的国际航线船舶加装压载水处理装置或者其他等效设施。鼓励船舶改造油气收集系统，加装尾气污染治理装备。
船舶的状况不一，有的船舶比较老，这些船舶甚至没有污染物排放控制的措施，环境污染问题较为突出。此外，为加强防污染设施建设和污染物排放的监督检查，交通运输部提出，研究设立长江绿色航运黑名单制度，加大对违规企业的惩处力度。