中央征求意见稿中曾提出“应在服务所在地登记分支机构”，在正式稿中被删除，体现了中央对互联网平台服务模式的认可和支持。但在地方实施细则的具体方案中，约七成城市重新提出要求设立分支机构，一些未规定设立分支机构的城市在实际许可过程中，也将其作为许可的前置条件，更有很多县也要求设立分支机构。
在滴滴、神州、首汽约车等已经获得的牌照中，仅丽江等少数几个城市允许不设分支机构。千讯咨询发布的《中国互联网市场前景调查分析报告》显示，以滴滴、易到为代表的网约车公司是依托互联网平台，利用移动互联网、大数据等技术对车辆进行调度、管理的轻资产模式，在全国设立两三百个分公司，需要租用办公场地、雇佣不必要的人员等，造成巨大的行政和财力浪费，完全不适合互联网平台运营模式，让原本就没有盈利的平台雪上加霜。
此外，新政还需要企业在各地租用办公场地、雇佣相关人员等，造成巨大的行政和财力浪费。比如，浙江嘉兴在细则中就要求企业“设立安全管理和业务管理等内设机构，配备机构负责人、业务管理人员分别不少于1人，安全管理人员不少于2人，同时分别指定各县（市、区）专职负责人不少于1人。”
地方版网约车新政制定面临多重利益考量。面对地方等城市巨大的存量市场，如果设立诸多分支机构，在网约车普遍还未实现盈利的背景下，高成本将直接“拖累”网约车平台的扩张速度，体现在网约车价格上也不会太理想，而且市级甚至县级的三证许可模式也将对网约车规模化发展造成极大的阻碍。理论上网约车企业需在全国近3000个县级以上城市办理运营许可证，而且均需要企业相关证件原件，合规成本极高。