市住建委铁路（铁路项目可行性研究报告）建设协调处相关负责人介绍，京张高铁的线路自北京北站引出，过学院南路后转入地下，连续下穿北三环、知春路(地铁10号线)、北四环、成府路、清华东路(上跨地铁15号线)，于万泉河以南转出地面，这段地下的线路要经过新建的清华园隧道。
这条隧道全长5.33公里，穿越4处地铁、6处主要城市道路和73条重要时政管线，是目前国内穿越重要建构筑物最多的高风险隧道，通车后高铁经过这里的时速约在120公里左右。隧道要新建，高铁经过的清河站也要重新建设，这都需要把老的京张铁路的铁轨拆掉，然后才能进行。今年10月底之前，将完成S2线和既有京张铁路线从西直门到清河东路的改移工作，S2的始发站将暂时设在黄土店，既有京张铁路线则暂时改走昌平北站。
未来都会引入清华园隧道内走地下铁轨，铁轨拆除之后，四道口、五道口、六道口的平交道口将不复存在，大大缓解现在交通拥堵的状况。待线路改移和铁轨拆除的工作完成之后，清河站的改造和清华园隧道的修建工作将在年内陆续开展。