在加强制度建设，规范行政审批、资金监管、选人用人等方面取得了积极成效。但也存在一些问题，主要表现在：一些直属单位整体整改进度较慢；一些基层党组织主要负责人主体责任意识不强，重业务轻党建依然存在；一些巡视移交的问题线索初核不力，对一些违纪问题追责问责不严；一些直属单位的党员干部对交通运输（交通运输项目可行性研究报告）部党组贯彻落实中央八项规定精神措施不了解，对其中的内容不掌握，有的直属单位未严格执行差旅费报销规定。
专项检查组强调，交通运输部要进一步强化党的领导，认真整改检查反馈问题，及时通报和公布巡视整改检查反馈意见，采取有力措施推进整改任务完成；机关各级党组织和党员领导干部要强化责任担当，加强对党员的教育监督管理，推动全面从严治党主体责任向基层延伸；要健全落实中央八项规定精神的配套措施，继续传导压力，严格执行纪律，持续释放越往后越严的强烈信号。
机关党委要认真研究反馈意见，针对指出的问题和提出的意见，制定整改方案，明确任务清单、责任清单和完成时限，集中两个月的时间扎实进行整改，11月15日前将整改情况报送中央国家机关工委、纪工委。