根据住建部2013年参与的全国农村人居环境的摸底调查，农村的环境存在多个问题，比如盲目撤并村庄建集中居住区，忽视农业（中国农业行业发展研究报告）生产特性、庭院经济和特色景观旅游资源保护；照搬城市方法编规划和搞整治；运动式推进，忽视传统文化和当地特色等。
对此，住建部村镇建设司司长赵晖解释，过去的城镇化模式下，忽视了村镇的规划，存在照搬城市方法编规划和搞整治；运动式推进，忽视传统文化和当地特色的情况。他认为，改善村镇人居环境需要完善城乡规划，划定城市开发边界，控制农村地区的建设强度；与此同时，也要推进村庄的的规划编制，制定村庄风貌控制要求。
也因为此，，作为参与方之一的住建部编制了《村庄整治规划编制办法》(以下简称《办法》)，要求各地基于当地的乡村特色，并从改善村庄公共环境和配套设施等方面开展规划编制，提出针对性的整治规划，改善村镇的人居环境。
值得一提的是，在落实村庄整治规划不可缺失的一环是需要加大村庄道路、垃圾污水治理、危房改造等基础设施的建设的力度。《办法》也要求，各地在制定当地的村庄整治规划时，也特别需要改善村庄公共环境和配套设施，提高人居的环境质量。
在业内人士看来，基础设施的建设是提高村镇人居环境改善的重要一环，但涉及到大量资金缺口待解的问题。据了解，由于农村产权制度、集体土地流转尚未建立，村镇一级的财政来源较少，大多来自于中央财政的“一事一项”的转移支付。而村镇发展薄弱的一大原因，赵晖认为，村镇缺少内生发展动力，没有稳定的财政来源，我国城市等级体制造成资源高度向大城市集聚，到村镇一级，几乎没有。
在赵晖看来，培育村镇的内生发展动力的关键，应推进房地产税的征收，逐步提高房地产税占地方政府税收的比重，使地方政府的精力从招商引资向提高城镇人居环境转移。另一方面，改革农房建设机制，通过打破宅基地只能在村内分配的体制，在镇区规划农房新区，政府负责规划管理和基础设施建设并建立中央财政支持机制，集聚人口和资本，促进第三产业发展。
接近住建部的一位人士介绍，目前三中全会提出要建立房地产税，这其中不只包括城市土地，还包括农村的集体土地。目前在房地产税立法的研讨上，已经开始考虑在理清产权属性的背景下，把农村集体土地上的合法房产纳入房地产税税收体系的可能性。