从知情人士处获悉，国土资源部正在研究出台小产权房管理办法，未来或将根据出租和出售等性质类别，分类整理存量小产权房。据了解，国土资源部目前已就小产权房的处理成立了专项研究小组，希望能尽快推出管理办法。目前的主要思路是，针对新增项目的清理，保证不再有新上市项目；而对于存量小产权房，现在处于研究阶段，研究方向倾向于逐步分类整理，区分出租和出售等类型出台相应办法统一管理。
11月22日，国土资源部、住房和城乡建设部联合下发的坚决遏制在建、在售小产权房（中国商品房行业发展研究报告）的通知，让此前的小产权房“转正”传闻戛然而止，也表明了中央部委对于小产权房的整治决心。目前，对于增量小产权房的清理已在北京展开。而一直以来北京市的清理动作和管理方法，都在全国产生示范效应。
作为方案出台的技术支撑，全国小产权房摸底排查也开始展开。近日，住建部对外表示，已联合国土资源部开始着手摸底全国小产权房的存量情况，并正在筹划相关的检查和执法督察工作。在对小产权房保持“严打”态度的基础上，两部委已经基本达成一致，对于占用耕地建设的小产权房，原则上将一律拆除。
查处清理工作并非一帆风顺。作为执法者，北京市国土资源局昌平分局副局长李跃红表示，清理小产权房的工作还存在三方面难点：首先，《土地管理法》等法律法规并未赋予国土资源行政主管部门对非法占用土地上的建筑物强制拆除的权力，国土资源行政主管部门对于需要强制拆除的违法建设必须移交具有强制拆除权力的单位进行拆除；其次，国土资源行政主管部门以及对小产权房负有查处、监管职责的机关，因受现行法律的制约，对违法建房人、卖房人、买房人、土地所有权人、阻碍执法的相关利益人等没有采取强制措施等能起威慑作用的权力，致使小产权房的建设、销售等行为不能得到快速、全面、彻底的禁止；再次，由于小产权房的购房人数众多，情况复杂，小产权房的清理整治一方面是要落实法律法规的各项要求，另一方面要维护社会和谐稳定大局。