2016年5月1日起，餐饮业开始全面实行“营改增”，为整个行业带来了极大的减负利好，对引导餐饮业实施供给侧结构性改革、促进可持续发展起到了积极作用。但是，餐饮企业在“营改增”实施过程中，仍遇到了一些问题和困难。今年来自餐饮业（餐饮行业发展趋势分析预测报告）的全国人大代表许菊云，全国政协委员刘延云、严琦在提交的议案提案中，不约而同地关注到了餐饮业“营改增”中出现的问题，并提出了各自的建议。
《关于全面推开营业税改征增值税试点的通知》(财税〔2016〕36号)明确规定，“总分支机构不在同一县(市)，但在同一省(自治区、直辖市、计划单列市)范围内的，经省(自治区、直辖市、计划单列市)财政厅(局)和国家税务局批准，可以由总机构汇总向总机构所在地的主管税务机关申报缴纳增值税。”但是在实际实施过程中，各地税务机关在政策解读和流程操作方面存在巨大差异，导致连锁餐饮企业增值税汇总纳税进程受阻。
根据中国烹饪协会会员企业调查，在湖南、四川、甘肃、新疆、陕西、山西、东北三省等地，由于从主管税务机关、市级税务局直至省级税务局对政策理解不同，餐饮企业虽然积极与各级税务机关沟通，但仍无法取得同意汇总纳税的批复。其中，四川省则明确表示基本不考虑按省汇总计算的方法。
农副产品增值税管理是增值税征抵链条一个重要的起点，直接影响整个增值税征抵链条的效率和质量，同时也影响农业相关产业的成长。餐饮行业纳入“营改增”范围后，一般纳税人增值税税率由5%调整为6%，税率虽然提高了1%，但此税可以采取进项税抵扣以减少企业成本。但“成本”能减去多少，进项税能抵扣多少，则是困扰不少餐饮行业的难题。进项税额抵扣需要取得相应的增值税发票，而作为占餐饮业成本40%左右的农副产品却很难取得抵扣进项的票据。严琦委员指出，农副产品本身属免税项目，加之市场不规范，农副产品中间周转环节大部分为个体户。