目前我国胶原蛋白（中国胶原蛋白行业发展研究报告）市场需求上升，新品开发异常活跃，近几年，国内有企业相继涉足胶原蛋白生产，使胶原蛋白原料的市场价格逐步走低。但与此同时，个别价低质劣的产品随之出现在市场上，更有甚者出现了以明胶等掺假的劣质产品。在缺少质量规范、科技落后和安全性上总是影响公众的健康，诸多问题的出现也威胁着正处于成长期的我国胶原蛋白市场的良性发展。
一、质量问题
随着科学技术的飞速发展和人民生活水平的提高，胶原蛋白已广泛应用于食品、医药、化妆品等多个领域，但由于国内不同生产厂商生产的水解胶原产品质量差距较大，它的质量已直接影响到消费者的利益和人身的安全，不同企业生产的水解胶原蛋白甚至连名称都不尽相同：如胶原多肽、小分子胶原肽、活性胶原蛋白、水解蛋白、水解明胶等，甚至由大豆等植物提取的蛋白也被称为水解胶原蛋白，使消费者不知所措。
目前为了规范全国市场，确保产品质量，国家发展和改革委员会和中国轻工业联合会牵头，北京华达杰瑞生物技术有限公司被指定为《水解胶原蛋白》国家行业标准的起草单位，经过2004~2005年两年的多次讨论和修改，形成的标准的送审稿上报国务院相关部门，2005年国家发展改革委员会发布第46号公告，正式发布了《水解胶原蛋白》国家行业标准，编号为QB2732—2005，标准自2006年1月1日起正式实施。
虽然行业有了一定的技术水准规范，但是仍有部分小型企业在产品质量上达不到标准要求，甚至在部分企业出现劣质产品掺杂等不良社会现象。
二、产品认知问题
胶原行业发展的重要战略机遇期即将来临，多年来，有两个难题制约了胶原这一新兴行业的发展：
一是民众的教育问题。在台湾，连初中生也能写出水平不低的关于胶原蛋白的论文出来；在一些发达国家，胶原蛋白是一种渗入老百姓生活各个方面的大众化产品。而在中国大陆，绝大多数人不知胶原蛋白为何物，甚至有人认为是营销策划公司做的又一次概念炒作。
二是政府的介入程度低，所有的胶原蛋白厂家都是没爹疼没妈爱的“孤儿”。
于是，在有限的市场空间内，士农工商，三教九流，都在经营胶原蛋白，造成整个行业乱七八糟、乌烟瘴气，弄不好会相互践踏而死。
三、成本问题
另外作为一种健康食品配料，胶原蛋白因其促进皮肤美容功效卓著，近些年风靡全球。其除了作为美容保健食品原料外，还被越来越多的食品企业关注并应用在其产品中，如乳制品、饮料等，以使其产品获得更多的健康诉求。然而，由于前几年源自天然的胶原蛋白多是从国外进口的产品，其价格不菲，因而将其应用于普通食品存在较大的成本压力。
四、信誉问题
保健食品行业目前最大的问题是夸大功效。
保健品市场要健康有序发展，就需要整个行业向社会树立诚信立场：生产上杜绝劣质原料，质量控制严格把关，销售上采用引导消费者的方式而非诱导。