1）腐乳行业的处于低价竞争中，缺乏高端品牌
作为一个传统的腐乳行业（中国腐乳行业发展研究报告），如何从一个传统低端的形象，过渡到一个可以定位为高端人群的品牌，是整个腐乳行业在品牌化之路上需要亟待解决的问题。腐乳，无论是超市还是农贸市场都有销售，价格从一元多到七八元不等，极为低廉，而且一瓶可以吃上十天半个月。腐乳不但价位低。而且像黄酒一样，食用腐乳具备很强的区域性，我国的东部沿海省份是腐乳的主要销售市场，而在东北、西北省份食用量就相对较少了，而且大多是作为调味品被食用的。但是，近年来，在这些地区腐乳的年销售量不断大幅增加，而价位却没因此显著提高，其中的原因是值得业内人士深思的。
2）创新和传承的矛盾
创新和传承犹如一对矛盾的双胞胎，要保留传统就意味着守旧，创新又意味着改革。如何在保留传统的基础上更好地进行创新，的确让很多企业伤透脑筋。在以佐餐为主的调味品行业，创新和传承就更难抉择，因为佐餐食品具有相当强的可替代性。如冒然进行工艺或产品创新，稍有不慎就可能使失去产品本身的特征，并导致市场的丢失。因此像豆腐乳这样的传统调味品，市场成长速度虽慢，但增速却相当稳定。究其原因主要就因其产品本质是绝对的“传统”。但由于多年来，消费者习惯将腐乳作为佐餐小菜，对于腐乳的营养价值和文化内涵了解不深，从而制约了市场的快速发展。所以，如何更好传承和发扬这一中国传统工艺，并深入挖掘其微生物发酵机理和营养价值，是所有腐乳企业需要解决的问题。
3）豆腐乳的安全问题
四川省工商行政管理局曾公布(2004年7月)的豆腐乳专项抽查结果表明，83%的豆腐乳不合格。豆腐乳质量存在的主要问题:一是部分企业不按国家规定使用防腐剂；二是使用防腐剂不标注，侵害了消费者的知情权；三是水分严重超标，豆腐乳中水分超标极易影响其质量的稳定性。这些问题严重阻碍着腐乳的发展，使市场份额本来就少的腐乳更无立足之地，所以当务之急是要加强腐乳的质量安全。
腐乳作为一种传统的大豆制品，是中国广大消费者十分垫爱的传统食品，国内外的研究也证明它是营养和健康的食品，随着人们消费意识的转变和健康意识的增强，传统大豆制品的市场空间会越来越大。但现行生产技术与生产方式，已经对其发展形成了阻碍。传统大豆制品尤其是腐乳的生产呼唤新的技术革命，如何将传统工艺与现代工艺相结合，从传统中升华，实现生产的规模化、工业化和安全化是企业能否抓住市场机遇的关键。若能解决腐乳生产周期长、保质期短、含盐量高、携带不方便、新品种少等诸多问题，其国际市场前景将十分广阔。