目前，酸马奶的制作方式仍然保持传统的方法，加工工艺和包装工艺较为落后，保质期短的问题也没有解决，直接影响了酸马奶的生产与销售。所以，应加快酸马奶实验室系统化的科学研究进程。
根据千讯咨询发布的《酸马奶项目可行性研究报告（2016）》，经过实验室专门系统的研究，筛选出酸马奶最佳的发酵工艺和发酵条件，摸清发酵程度与营养成分的内在联系，实现酸马奶加工过程高效有序地进行，同时保证其质量和充分地开发和利用其营养价值；
通过对酸马奶的理化及微生物的组成进行详细研究，弄清其疗效与马乳本身的组成以及发酵过程中乳酸菌和酵母菌代谢所产生的各种物质的密切关系。从而从酸马奶的微生物群中筛选出对结核分枝杆菌等细菌具有高度抗菌活性的微生物，通过现代药理学实验技术证实其药理作用后，可生产新型抗生素；
改进酸马奶中微生物的研究手段。迄今为止，对酸马奶的微生物群落结构及功能的研究都是基于传统方法，如培养，筛菌，鉴定等。由于其研究方法的局限性，无法发现一些不可培养的微生物。因此对酸马奶微生物的研究手段需进行改进，比如说用宏基因组方法。该方法绕过了纯培养技术，直接从环境样品中提取微生物群体基因组DNA进行研究，从而获得大量的前所未知的微生物信息。为酸马奶的全面开发打下基础。