大米加工效益偏低，企业开工率不足。2014年全国大米行业实现利润不足5亿元，平均每家企业利润不足5万元。根据千讯咨询发布的《大米项目可行性研究报告（2016）》可以看到，行业内无论是龙头企业还是中小型企业，大部分处于微利或亏损状态。2013年北大荒米业亏损就达4.22亿元。而据黑龙江大米协会统计，2013年以来有近半大米加工企业亏损。受此影响，黑龙江只有不足1/3的大中型企业开工率能达50%左右，其他一般维持在30%左右，年加工能力5万吨以下的小型企业停产面更为严重。南方地区受进口大米冲击更大，加工企业停产、半停产现象更为严重。
企业规模偏小，品牌效益不突出。目前国内入统的大米加工企业平均产能只有3万多吨/家，小型及以下企业产能仍占行业的50%以上。行业排名前三甲的中粮集团公司、北大荒米业集团、益海嘉里投资有限公司三家产能合计也只有4%左右的份额，行业集中度远低于面粉、油脂等行业。
由于大米加工企业众多，部分企业一家会使用2-3个品牌用以区分高中低档品质大米，导致大米品牌既多且杂。仅黑龙江省大米品牌就有上千个，但在市场上有号召力的品牌不多。由于大米企业各自为战，造成了国内优质稻米品牌间的内耗和严重的同质竞争。此外，假冒“五常大米”等优质稻米的标志满天飞，假冒伪劣产品很难杜绝，消费者难以通过品牌辨别大米品质好坏，品牌效益低下。
过度加工现象突出。由于过分追求大米好看，加工时大量使用抛光工艺，甚至双抛工艺，加工精细化倾向严重。因过度加工，我国稻谷平均出米率比日本低3%-5%。精米出米率甚至只有55%-65%，每年因此损失大米400万-600万吨。过度加工，还造成营养物质损失增加，煮饭时饭粒不易成型、口感差，能源消耗增加。
深加工比重偏低。我国每年稻米副产品达4500多万吨，其中稻壳3000万吨、米糠1000万吨、碎米等500万吨，但米糠的深加工综合利用只占10%，稻壳发电及综合利用只占30%。印度稻米油近90万吨，我国还不足30万吨。稻米加工副产物利用率低，直接影响我国稻米加工的资源利用率与增值效益。导致稻米加工企业产品单一，市场竞争力差，赢利能力低下。
基地建设不够重视。稻谷产前品种选育、栽培、种植、收割、储运及综合加工链条建设，除个别大企业外，一般中小企业尚处于无视或无能状态，因而很难保证优质米的稻谷来源。部分加工企业虽建有基地，但规模总体偏小、经营分散、标准不高。80%以上的企业加工原料主要在市场上随机采购，使加工产品质量难以稳定。