1.基础研究缺乏和滞后。目前我国尚无国家级的专职蓝莓科研机构，分散在各地的试验起点低、项目重复、产业基础研究缺项，科研滞后的现状与全国的“蓝莓热”形成了巨大的反差，更重要的是未来我国蓝莓产业靠什么与欧美竞争，如何保障蓝莓产业科学和可持续发展。
2.产业发展缺少科学规划。蓝莓作为多年生果树，必须遵从适地适栽（引种→示范→推广）的发展规则，目前许多新区不了解蓝莓（蓝莓项目可行性研究报告）树种特性和生长发育规律，主栽品种（组合）未经鉴定便大规模种植，且生产技术不配套，导致栽培失败和经济损失。
3.生产定向错位。为满足市场需求和追求效益最大化，世界各蓝莓生产国都以鲜食生产为主，加工生产为辅。而目前国内确在盲目地扩大加工蓝莓生产，并已造成三方面失误：一是加工蓝莓栽培区规划违背科学规律，二是加工蓝莓主栽品种选择不当，种植技术不可行，三是加工蓝莓生产效益与投资者的期望值差距大。
4.品种选择背离产业发展规律。由于高灌蓝莓果实品质、性状与效益明显好于矮灌、半高灌和兔眼蓝莓，已成为世界各蓝莓生产国第一选择，但目前我国北方冬季少雪地区扩种矮灌和半高灌蓝莓，已影响我国蓝莓产业的稳健发展。
5.种苗生产和供应混乱。优质种苗是蓝莓产业发展的基础，而目前哪个品种繁苗容易就繁殖哪种，生产者则是有什么苗就种什么品种，无法科学选择。更为严重的是炒苗者的暴利诱导了一批效仿者，更加重了蓝莓种苗供应的混乱，给蓝莓生产埋下了隐患。
6.栽培管理技术不配套。良种和配套技术才能保证蓝莓优质、丰产和高效，而目前一些蓝莓种苗供应者未见过所繁育的蓝莓品种开花和结果，便开始繁育种苗，自然也不能给引种者提供配套技术。蓝莓的生产周期长达18～22年，种苗栽下后随之而来的生产和管理，涉及调酸、施肥、供水、防病、治虫、驱鸟、修剪、防寒、避霜、采收、贮藏、加工、周年生产与均衡供应、无公害生产等诸多技术，成熟配套技术的缺乏将使蓝莓生产面临风险。
7.浆果集中成熟，降低生产效益。目前我国南北蓝莓浆果成熟期多集中于6月中旬至8月中旬，与北美、欧洲和日本蓝莓同期上市，这会给未来我国蓝莓出口造成压力，而且国内市场的销售也会竞争加剧，将给生产和经营者造成损失；另外，蓝莓采收期正置雨季，高湿环境造成蓝莓果实品质下降和产量损失，降低生产效益。
8.技术培训和咨询服务滞后。中国蓝莓产业将有百年的辉煌，而目前却是“三新产业”——新树种、新产区和新生产者。其生产示范、人员培训和技术咨询则是政府职能部门的职责，也是新兴产业稳健发展的关键。借鉴我国近年草莓和黑莓生产经验和教训，提早进行“蓝莓产业预警机制研究”十分必要。我国蓝莓发展现未进行生产区划，缺乏“三定”（产业定位，主栽品种定向，栽培技术定型）和产业配套，避免“朝阳产业”变成风险投资。
9.市场竞争激烈。我国现已成为世界蓝莓新兴国家，争夺销售市场面对诸多困难：多年来香港鲜食蓝莓主要由美国供应，根据美中贸易协定（2006年5月1日签订），当年美国蓝莓加工品已抢滩上海，进入我国酒店配餐市场，2007年夏季加拿大蓝莓鲜果首先进入昆明的法国麦德龙超市，2008 年北京奥运会期间美国蓝莓鲜果打入国内高档市场。智利蓝莓鲜果已进入中国。近期新西兰、澳大利亚现正在寻找蓝莓进入中国的供销渠道。由此可见，中国蓝莓产品将在国内市场承受强劲的国际竞争。