巴州专门成立国家级棉花良种繁育基地暨国家棉花产业联盟高品质棉花生产基地建设领导小组，着力打造CCIA(国家棉花产业联盟)国棉品牌，计划推进CCIA高端棉花试验区面积50万亩，生产中高端原棉14万吨。预计到2021年，推进面积达300万亩，生产中高端品质原棉42万吨。
近年来，巴州以农业供给侧结构性改革为主线，围绕种植、管理、销售等关键环节，千讯咨询发布的中国棉花场前景调查分析报告显示，全面推广棉花综合集成技术运用，推动棉花向优质高产棉区集中，成为新疆三大棉花主产区之一和重要的国家优质商品棉基地。2019年预计巴州棉花种植面积328.46万亩，皮棉产量45万吨左右。在此基础上，巴州大力扶持纺织服装企业不断提高产能、扩大规模。
截至2018年底巴州共有纺织服装印染成衣企业106家，形成环锭纺150万锭、气流纺17.27万头、涡流纺7万头的产能；年产服装1300万件(套)，解决就业3万人，实现产值103亿元。特别是山东康平纳智能染色、汇同泰印染项目的投产，填补新疆筒子纱印染的空白。
巴州依托棉花产业优势，主动加强与国家棉花产业联盟的合作交流，成立国家棉花产业联盟巴州棉花产业领导小组，共同制定巴州实验区建设实施方案，规划5年预期目标。2018年巴州与国家棉花产业联盟联合推进CCIA高端棉花试验区面积30万亩，生产中高端品质原棉7万吨。今年计划生产中高端原棉14万吨。预计到2021年生产中高端品质原棉42万吨，推动CCIA高端原棉品牌进入棉纺织产业链的中端和高端市场。