粤港澳合作已多年，也诞生了“香港技术、资金+内地劳动力、土地”的“前店后厂”模式。随着珠三角要素成本攀升，这种模式已经没法为大湾区金融济增长提供新的动力了，不再适应当前的形势。从世界湾区发展经验看，都具有宜居宜业、高端要素集聚等共同特征，而旧金山湾区和东京湾区能够发展成为世界级大湾区，最重要的一点就是科创引领发展。杨永聪认为，上述状况凸显了港澳与内地科技合作的必要性和紧迫性。
已经有部分产业形成了“全球技术+中国制造+全球市场”的崭新发展格局，很多企业亟需对接全球创新资源。要对接全球创新资源，据千讯咨询发布的的《中国金融市场前景调查分析报告》显示，一个重要的突破口就是加强港澳与珠三角的金融科技合作。24名在港两院院士反映的问题包括在国家科研项目经费过境香港使用、科研仪器设备入境关税优惠等限制港澳与内地科技合作问题。粤港澳三地对此推出了共建创新平台的“药方”，典型的有深港落马洲河套地区、广深科技创新走廊等，港澳与内地的科技合作一时“百花齐放”。
只有平台和载体是不够的，如果体制上的障碍不突破的话，人才、资金、设备都不能跨境自由流动，就不能发挥其巨大价值。无论是内地人员去港澳，还是港澳人士来内地进行科研合作，签证问题、外汇机制、科研管理机制等，都无形中增加了实际操作的难度。
除此之外，隐性的限制因素还有很多。比如，港澳人才到内地工作，能不能买房、上车牌，能不能享受同香港一样的保险、税收和医疗教育等福利待遇，都直接影响他们是否选择进入。在知识产权认证上，港澳与国际接轨的程度更高，更加重视个人在知识产权上的认证，而在内地科研机构做出的专利要署名单位和个人。