因自身教育资源的先天不足，在合作办学方面，深圳已经有了一系列的尝试，近几年来，深圳重点引进位居国内综合排名前十、学科排名前五的名校合作办学，重点引进名校的优势学科，建设保障民生和产业发展亟须的医学类、理工类学科，同时与国内外的名校合作共建深圳校区、合办学院。
例如，与哈尔滨工业大学合作，以哈工大深圳研究生院为基础建设哈工大（深圳），重点发展工科；与中山大学合作共建中山大学·深圳，重点发展医学和新工科；千讯咨询发布的《中国教育市场前景调查分析报告》显示，与香港中文大学合作成立香港中文大学（深圳）分校、清华大学合作共建清华大学深圳国际研究生院、建天津大学—佐治亚理工深圳学院、深圳墨尔本生命健康工程学院等一批中外合作办学的特色教育学院。
对于这种合作办学方式，多位受访专家尚持观望态度，如何保证教学质量和生源质量以及如何凝聚更多顶尖的师资力量等仍是需要面对的问题。但深圳完整的产业链，众多高科技企业云集为深圳产学研合作发展提供了沃土。今年6月，港中大（深圳）先后与腾讯、京东两大互联网巨头联手，共建人工智能实验室，探索校企全面对接的新模式。
大湾区缺少的是顶级的科技创业型人才，应该以创新教育来推动创新产业的发展，使得大湾区的核心地带‘港深莞’能首先冲出来，成为世界的新硅谷。目前国内高校办学、人才培养模式严重滞后，而粤港澳大湾区应该利用自身的条件，利用好“港深莞”的科技企业资源，将人才培养的传统模式转化成以问题为导向、多学科融合、基于项目的学习，培养学生的国际视野和品位。