第一批和第二批共对19个省46个城市上报已完成整治的739个黑臭水体进行督查，经督查判定57个水体未消除黑臭，占督查总数的7.7%。这46个城市中，达到治理目标的25个，未达到治理目标的21个。未达目标的城市包括十堰、武汉、上海、南宁、岳阳、芜湖、安庆、无锡、随州、深圳、扬州、广州、东莞、太原、石家庄、赣州、吕梁、南昌、昆明、自贡、安顺和贵阳。
千讯咨询发布的《中国水市场前景调查分析报告》显示，黑臭水体治理存在排查不认真、控源截污不到位、垃圾收集运转处理处置措施不到位、内源污染未得到有效解决、部分地区治标不治本等主要问题。而其中36个重点城市完成任务非常艰巨。36个重点城市上报黑臭水体676个，其中上报完成整治的是670个，评估已完成的是629个，占93%。
同时，这些城市新发现黑臭水体221个。等于新发现的占原来的比例为三分之一，这样一来整个完成比例降到了70%。现在到年底还有半年的时间，对这36个重点城市来说，任务非常艰巨。新发现的221个黑臭水体还不全。在有些城市督查，恰逢大雨，黑臭水体都出来了。
当前，我国城市黑臭水体治理大部分都是按照“控源截污、内源治理、生态修复、活水保质”的思路进行治理。即使都做完了旱天污水截流，在雨天的时候依然还有一些污染物会排向水体。在雨天的时候，合流制排水系统会有雨污混合水排到水体中造成污染，分流制排水系统会有初期雨水排往水体造成污染。