食药监抽检的数据显示，生鲜海鲜食品出现问题的概率较高，而已经被制作成即食型的水产制品出现问题的概率相对较少。大多数生鲜海鲜出现不合格的原因是：药物残留和重金属超标。
兽药残留指动物用药后，动物产品的任何食用部分中与所用药物有关的物质的残留，包括原型药物或/和其代谢产物。为了降低海鲜类产品出现药残的情况，千讯咨询发布的《中国食品市场前景调查分析报告》显示，在海鲜食品上市前一般会有一段休药期，以使海鲜排出体内的药物，减少残留的风险。
国家不允许休药期内的水产品上市，休药期也并不局限在水产这一品类。而水产品的休药期因药物的种类、使用时间、水产种类等不同，药物在水产养殖动物体内的代谢过程所需的时间长短也有所不同。
由抽检数据分析得，15种常见水产品的不合格原因集中在孔雀石绿、呋喃西林代谢物、镉、呋喃唑酮代谢物等12个项目。15种常见水产品中，鲈鱼和多宝鱼检出不合格批次所涉及的项目最多，多达6项，这与两种鱼类抽检次数多也有所关联。而桂花鱼、皮皮虾、龙胆鱼、花甲、扇贝检出不合格批次均集中在单个项目上，这对消费者针对性地避开某些消费盲区或具一定意义。