农夫山泉早期工厂选址出现了失误。偏远的厂区一直受水（水项目可行性研究报告）电问题困扰，生产期间几乎天天停电，日常供水量不足40吨，难以满足生产需求。种植园地的选择也同样不容乐观，开垦地处于又高又陡的丘陵地带，不仅增加了人力和物流成本，而且果树很容易受到极端低温的影响。此外，农夫山泉花高价采购来的榨汁设备，被发现并不适合榨取橙汁。不得已之下，农夫山泉又只能将之报废。在选育品种上，农夫山泉也出现了失误，所育品种和纽贺尔同季产果，全年榨汁期仅40天，导致工厂设备利用率低下。
此外，在和农民的合作关系方面，由于将工业管理模式生搬硬套到农业上，把农民简单地看成产业工人，导致最初几年产量少、果质差，自有果园五年树产量不如果农三年树。对农业难度的轻视，导致早期工厂一度陷入停滞，每年的亏损超过2000万元。
遭受诸多打击后，农夫山泉开始探寻正确的农业现代化之路。运用现代化的土壤与农事管理，提升橙子品质，同时，依托于数据进行管理，通过叶片营养检测和土壤肥力检测的对比诊断，给每一个果园制定针对性的施肥，希望通过多个措施在三年内扭亏。针对生产周期问题，周力表示，水果在进行榨汁处理后，由于会进行冷冻处理，可以进行两年以上的保存，40天的生产周期对于果汁的生产并不影响。