甘肃省少数民族特色村寨保护虽然取得了一定的成绩，但未来发展仍面临着诸多困难。社会经济发展对传统文化产生了巨大的冲击，少数民族文化传承面临着困难。村民外出务工十分普遍，电视、网络（网络项目可行性研究报告）等大众媒介扩宽了村民的信息渠道，而穿着民族服装、制作传统佳肴、刺绣等多半是老年人，学生在外读书毕业后也更倾向留在外地工作，一些传统节日也逐渐淡出了村民的生活。
少数民族村寨传统文化的退化、遗失与同化，唯有将传统文化保护作为村寨建设的核心，加强民族文化遗产保护传承，实现旅游开发和文化保护之间的良性互动，才能保证其可持续发展。比如，加大甘南藏族民歌、“南木特”藏戏、唐卡、藏医药、拉卜楞寺佛殿音乐“道得尔”、卓尼巴郎鼓舞、舟曲朵迪舞、蒙古长调、东乡族擀毡、保安腰刀锻制等技艺为代表的的非物质文化遗产保护传承力度。
此外，甘肃还应充分发挥政府的主导作用，多方面给予政策支持，继续坚持维护村民的主体地位，实现发展与保护互促互赢。