1月3日，由重庆市九部门联合起草的《关于印发重庆市公立医疗机构药品采购“两票制”实施方案(试行)的通知》(下称《实施方案》)正式公布，成为继安徽、湖南之后，又一个执行“两票制”的省市。在“两票制”下，药品（药品行业发展趋势分析预测报告）在到达消费者之前，最多只能开两次发票。其中，药品生产企业到经营企业开具一次，经营企业到公立医疗机构开具一次。将重庆版“两票制”和安徽版、湖南版等对比发现，重庆更为强化药品可追溯体系的建设，要求重庆药交所在2017年5月底前完成药械交易信息全程追溯体系暨医药智能物流公共信息服务平台的系统建设。
有分析认为，“两票制”的核心目的在于打击药价虚高，而随着各地以及国家版“两票制”相继落地，医药流通企业也将面临大洗牌。1月3日，重庆市卫计委官网和重庆药品交易所官网医药公信网同时发布了《关于印发重庆市公立医疗机构药品采购“两票制”实施方案(试行)的通知(渝卫药政发〔2016〕92号)》，称《实施方案》已经获得重庆市政府同意，并于2016年12月31日起执行。该文件要求，重庆市所有公立医疗机构(含基层医疗机构，村卫生室药品由乡镇卫生院代购)药品采购全实行“两票制”，并鼓励部队医院、民营医院、个体诊所等医疗卫生机构实施“两票制”。
事实上，在重庆之前，已有湖南、安徽在其所属省市内全面执行“两票制”;同时，四川等地也在部分成熟地区推行“两票制”。2016年以来，国家层面也陆续出台了系列相关纲领性文件，比如2016年12月31日召开的中央全面深化改革领导小组第31次会议，就审议通过了《关于进一步改革完善药品生产流通使用政策的若干意见》，强调推行药品流通“两票制改革”，净化药品流通，解决突出问题。