酵素生产技术指多菌种复合型微生物群体发酵的技术，是一门新型的高新技术，传统的产品如泡菜豆瓣酱纳豆味噌等也可以称为酵素产品。常见的水果、蔬菜、糙米、菇类、药食同源中药等都可以作为酵素发酵的原料。蛋白酶、脂肪酶和超氧化物歧化酶等是微生物酵素类保健食品的主要功效酶。
微生物发酵生产酵素（酵素项目可行性研究报告）的工艺特点是：为了防止杂菌生长和产生酒精，可加入酿造米醋及比较高浓度的异麦芽糖、蔗糖或红糖等，发酵周期比较长，一般为几个月至两年不等。也有采用二次发酵工艺，即经过后熟工艺得到微生物酵素产品。产品形式有液状、膏状、粉状及固体颗粒等。
张宏智的专利所述的酵素生产工艺如下：选取蔬果发酵产生蔬果酵素原汁，选取多种新鲜的蔬菜和水果，加入糖或蜂蜜及醋在室温下分开密封存放四个月以上，让蔬果材料完全发酵成蔬果酵素原汁；取松树汁液发酵产生松树酵素原汁；取松树汁液加糖或蜂蜜在室温下密封存放一个月以上，让松树汁液完全发酵成松树酵素原汁；混合蔬果酵素原汁与松树酵素原汁：取前述总成份为60%-90%蔬果酵素原汁，与10%-40%松树酵素原汁混合，以制成具有天然食品酵素的饮料。