今年10月底前，内蒙古自治区80个旗县（市）的旗县级公立医院要破除以药补医，取消药品（中国药品市场前景调查分析报告）加成（蒙药院内制剂、蒙药中药饮片除外），全面推开旗县级公立医院综合改革。到2017年，现代医院管理制度基本建立，基本实现大病不出旗县。
日前，内蒙古自治区印发了《内蒙古自治区全面推开旗县级公立医院综合改革实施方案》，其中明确规定所有旗县级公立医院要推进医药分开，积极探索多种有效方式改革以药补医机制，2015年10月底前，取消药品加成。
旗县级公立医院补偿由服务收费、药品加成收入和政府补助3个渠道改为服务收费和政府补助2个渠道，通过理顺医疗服务价格、增加政府投入和降低医院运行成本等多方共担。
2016年底前，支付方式改革要覆盖旗县域内所有公立医院，覆盖40%以上的医院出院病例数。到2017年，全面实行以按病种付费为主，按人头、按床位日等复合型付费方式。
鼓励提供和使用适宜的蒙医药、中医药服务，在规范蒙医中医非药物诊疗技术的基础上，逐步扩大纳入医保支付的医疗机构蒙药中药制剂和针灸、治疗性推拿等蒙医中医特色诊疗技术范围。