南沙港的货物吞吐量已非常可观，国际航线数量也逐年增长，但其离国际航空航运中心枢纽的目标仍有距离。细看数据，南沙港区吞吐货物还是以内贸为主，外贸占比不大。2017年，南沙港区完成集装箱吞吐量1405.99万标箱，其中外贸集装箱完成530.23万标箱，同比增长8.10%，仅占吞吐量总额37%。
在航线方面，南沙国际航线区域分布并不均衡，千讯咨询发布的《中国航空市场前景调查分析报告》显示，航空航线目的地以非洲和亚洲港口居多，尤其是“一带一路”沿线上的港口为主，而欧美航线较少。实际上，对于南沙港辐射区域内的企业来说，在南沙港走远洋运输的成本是更低的，但现在航线不够多，客户选择范围并不大。
在上个世纪90年代国际航运大型化迅猛发展时，广州还没有大力开发南沙港，其他集装箱港口进港航道水深只有8至9米。“大型船舶根本进不来，而这个时候，深圳盐田港顺势发展了起来，从那时开始，欧美的客人习惯了靠在盐田港，形成了路径依赖，现在即使南沙港有更低的物流成本，但想要转变他们的想法就变得很困难了。”
同时，南沙港区的服务设施还有待改善。以仓储设施为例，目前，南沙保税港区建成的物流仓储设施为55万平方米，面积并不大，大量珠三角企业并没有选择将仓库设在南沙，这也是制约其进一步发展外贸、建立国际品牌的因素之一。