过去中国很多出口货物出海要经常换船，比如先在长江走河轮，然后到了上海洋山港换海轮再出海。进口货物也面临多次换船转运货物的情况。但是，随着南京以下长江航道加深，海轮可以顺长江而上，减少转运和转船的环节，进而减少物流费用和时间。长江南京以下航段是长江主航道中船舶通过量最大、经济效益最为显著的航段。
12.5米深水航道全线贯通后，将发挥巨大的经济和社会效益，对深化水运供给侧结构性改革，构建高效畅通的长江综合立体交通走廊具有重要意义。深水航道的建成全面提高了大型海轮的实载率，运输成本大幅降低。进一步促进船舶运输组织方式优化调整，减少货物中转次数，实现更高效的江海联运、江海直达运输。根据了解，长江南京以下12.5米深水航道建设工程是《长江经济带发展规划纲要》确定的重大项目， 2012年8月工程开工，2014年7月一期工程建成，12.5米深水航道上延至南通；2015年6月二期工程开工，2018年4月建成交工，提前半年实现12.5米深水航道上延至南京。
目前南京至长江出海口431公里的12.5米深水航道已全线贯通，5万吨级海轮可直达南京港，10万吨级海轮可减载抵达，20万吨级海轮可减载乘潮到达江阴。据了解，南京以下长江水深加大，直接带来的效果是运输成本下降，同时运力提升。比如长江南京以下航段在10.5米航道水深的时候，只满足3万吨级海轮满载通航，12.5米深水航道全线贯通后， 5万～7万吨级船型实载率将提升近25%，10万～20万吨级将提升近20%，千讯咨询发布的《中国物流市场前景调查分析报告》显示，物流运输成本大幅降低。据初步测算，5万吨级以上进江海轮每多装载1万吨货物，可大致节约运输成本23.3万元。
据统计，2016年二期工程按照洪季12.5米、枯季11.5米的标准初通南京后，江苏沿江8港的海进江货运量增长31.4%，5万、7万和10万吨级海轮艘次分别为初通前的1.4倍、2.3倍和2.9倍。2018年5月，二期工程投入试运行，标志着长江南京以下12.5米深水航道工程建设目标得到了全面实现，社会效益、经济效益、安全效益和环保效益将日益彰显。