公务机的运营成本主要包括起降费、机组过夜费、燃油费、飞行小时费、调机费、配餐机供品费、维修成本以及航材成本等。
1）起降费
按照飞行重量的不同，飞机起降费不尽相同，25吨以下的飞机，起降费一次2000元，如果需要过夜甚至长时间停放，一天的过夜费是按照起降费的15%收取，也就是300元。25吨到60吨的飞机起降费为一次2200元，过夜费也是按照起降费的15%收取，也就是330元一天。停靠在机场后，需要专人打扫卫生。乘客到机场后，需要专门安排车辆接送。通常，飞机降落后和起飞前的服务是外包给当地机场的服务公司。清洁和接机等费用算下来，一次120元左右。
2）燃油费
公务机加油一般都在FBO 进行，燃油费主要与公务机用油价格有关，受航空汽油价格的影响。
3）任务飞行小时费：这主要是飞行员和空中乘务员的费用，即飞行员以及空中乘务员的人工成本。
4）调机费：如果公务机的客户在外地(不在公务机所在的基地城市)则需要调机，另外收取调机费。例如，青岛的顾客要申请包机，那么公务机公司就要从外地的基地调飞机过来。如果是从上海调飞机过来，调机费达十几万元。
5）配餐机供品成本
公务机客户的饮食不同于普通航班标准化的饮食，会根据客户的不同口味烹制不同风味的食物，每到一地还会为客户准备好当地的特色小吃，且标准较高。因此配餐成本较高。
6）维修成本
公务机维护与普通飞机维护截然不同。原因有：公务机的运行标准更高更严格；电子系统化程度更高、更先进；机体空间小，维护难度更大；另外，公务机航班计划不稳定，经常发生因航班计划灵活变动而临时调整维修计划的情况；最重要的，公务机的服务对象多为社会精英阶层，这对维护工作提出了更高的要求，需要机务、技术人员以高出一般航线维护两倍甚至三倍、四倍的维修标准和质量来赢得客户，这些都给公务机维护带来了很大的挑战。
7）航材成本：航材的投资额一般为飞机总价值的5%，并按照使用年限计提折旧。
随着各项成本的不断走高，势必影响到公务机公司价格的制定，特别是我国对进口原油的依存度不断提高，油价的上升，增加了企业的运营成本，总体来看，未来我国公务机服务价格的年均增长率在10%到15%。
千讯咨询发布的中国公务机市场前景调查分析报告显示，行业内主要企业在进行公务机包机服务定价时，使用的是综合采用成本导向定价以及客户导向定价的定价策略，即考虑整体购机成的前提下，以每小时公务机航空服务成本为依据，同时依据市场对于公务机服务的需求状况和客户对于公务机航空服务的感觉差异来确定企业预期利润，从而确定最中国的价格。
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