“十二五”期，沿海基础设施建设（基础设施建设项目可行性研究报告）投资完成4800多亿元，新增万吨级以上生产性泊位549个，新增通过能力23.2亿吨，截至“十二五”末，沿海拥有万吨级以上泊位2207个，通过能力79亿吨；沿海港口大型化、专业化和现代化水平不断提升，能力总体适应经济社会发展需求。内河水运建设全面加快，基础设施投资完成2400多亿元，长江干线航道系统治理成效显著，高等级航道体系基本形成，内河规模化、集约化港区建设取得明显进展。
运输装备结构不断优化。截至“十二五”末，我国拥有海运船队运力规模达1.6亿载重吨，位居世界第三位。在运输船舶运力规模增长较快的同时，老旧运输船舶和单壳油轮提前报废更新加快推进，农村老旧渡船更新5000多艘，船舶结构明显优化，船龄明显改善。内河船型标准化率达50%，内河货运船舶平均吨位超过800吨。
运输服务能力显著增强。2015年，我国港口完成货物吞吐量127.5亿吨，集装箱吞吐量2.12亿标准箱，连续多年位居世界第一，此外，港口货物吞吐量亿吨大港达到32个，在世界港口货物吞吐量和集装箱吞吐量排名前十位中，中国大陆港口分别占了7席和6席，宁波舟山港、上海港分为位居世界第一。长江连续多年成为世界上航运最繁忙的河流。水运信息化水平明显提升，港口服务功能不断拓展，集疏运体系逐步完善；国际航运中心建设取得阶段性进展，航运要素集聚加快，航运金融业务规模不断扩大，初步形成了完备的航运服务功能体系。