各级交通运输（交通运输项目可行性研究报告）部门按照国家全面深化改革要求，服务交通运输发展转型升级，统筹推进体制机制改革、创新能力建设、重大科技研发、成果转移转化等各方面工作，促进交通运输科技创新不断适应时代要求、实现全面协调可持续发展，为建成安全便捷、畅通高效、绿色智能的现代综合交通运输体系提供强有力的支撑和引领。
在深化科技体制机制改革方面，各级交通运输部门要转变政府科技管理职能，建立市场导向机制，完善创新管理政策，强化创新激励政策，促进行业科研机构发展，推进部属科研院所改革。同时，注重推进创新能力建设，在行业重点科研平台建设方便，发挥既有平台作用，优化平台整体布局，支持平台持续发展。要加强科技创新人才队伍建设，培育科技领军人才和创新团队，支持青年科技人才持续发展，激发大众创业万众创新活力。
“十三五”期，交通运输部将统筹重大科技研发，包括重大研发任务和重点研发方向两个方面。重大研发任务将紧密结合国家三大战略对交通先行发展要求，立足行业主导，统筹行业内外优势科研力量，着力在特殊重大工程建设、交通通道能力提升、综合运输智能管控、交通大气污染防控等方面，积极争取国家科技资源支持，突破一批制约交通运输安全、高效、绿色发展的重大技术难题。重点研发方向聚焦“四个交通”发展，将围绕基础设施、运输服务、信息化、安全应急、节能环保等重点领域，形成行业研发方向指引，利用市场机制，引导全社会科技资源开展大众创业万众创新。