长三角水域船舶（船舶项目可行性研究报告）排放控制区工作主要分两个阶段实施。4月1日起，要求在上海、宁波—舟山、苏州、南通4个核心港口同时实施第一阶段措施，即船舶靠岸停泊期间使用硫含量≤0.5% m/m的燃油，在评估第一阶段措施实施情况后，适时启动第二阶段更严格的管控措施。
在一般人眼里，这就是一个“船靠岸，转‘好油’”的“技术活”，很难想象这是一个涉及交通、海事、船公司、港口码头等的系统工程，既关乎地方经济发展，也连接内河小船生计，不仅岸上要按期保证供应合格燃油，船上发动机也需要进造船厂船坞进行改造，此外，船企要为高品质油品付出更高油价，航运业本已不景气，经营不善的小船企经此一役，很可能被逼至破产边缘。
但大气污染防治是企业应尽的社会责任和应承受的经营成本，3个区域中长三角率先实施船舶排放控制区，是大势所趋。长三角区域港口密集，航行船舶众多，排放污染对大气环境质量造成严重影响。以上海为例，根据上海大气PM2.5源解析，本地排放源中，机动车、船等流动源占31%，其中船舶污染占8%至10%。
率先实施船舶排放控制区是长三角推动绿色发展的重要途径，持续推动港口和船舶大气污染防治工作的探索创新和先行先试，一直是长三角区域大气污染防治协作小组及其办公室协调推进的重点工作。”上海市交通委秘书长高奕奕说。倘若长三角不携手联防联控，短期内排放不达标的船舶从某个查处不严的港口进出，受大气污染祸害的依然是整个长三角区域。