进入夏秋航季后，涉疆航空（航空项目可行性研究报告）航线将达82条，同比增长12.33%。今年夏秋航季，南航在疆计划新开的5条国内航线中，除了乌鲁木齐-重庆-桂林、乌鲁木齐-上海浦东等往年夏秋热门航线外，还将陆续开通乌鲁木齐-西宁-杭州、乌鲁木齐-郑州-义乌、乌鲁木齐-贵阳-深圳等新航线。
此外在暑期旅游旺季，南航新疆分公司将会进一步加密国际航线，恢复巴库、首尔、新西伯利亚等航线的同时，圣彼得堡、伊斯兰堡、阿拉木图、阿什哈巴德等国际线路也会同时增加班次。届时南航新疆分公司执管航班量预计将达16113班，平均每周执行航班量超过500班次。
今年，打造点点互通、直连东线的高效疆内航线网络，将依然是南航新疆分公司新航季的重点工作。去年冬春，南航新疆分公司陆续开通了喀什-库尔勒-郑州、喀什-石河子-郑州、乌鲁木齐-和田-阿克苏等航线，受到了各方好评，这些新航线也都会在新航季中继续执行。同时，换季后南航还将陆续开通库尔勒-乌鲁木齐-上海虹桥/武汉、博乐-乌鲁木齐-武汉航线，届时库尔勒通航的内地省市将达到6个，而博乐机场则会成为疆内第8个直通内地城市的支线机场。
除了航线变动外，27日新航季开始执行后，航班时刻也可能会出现较大变动。据统计，70%的航班变动都是短时间变动，只比原起降时刻提前或延迟5至30分钟，例如从乌鲁木齐飞往北京的CZ6901航班，将由原先的10点25提早到10点整起飞。但也有的航班时刻变动较大，例如飞往比什凯克的CZ6005航班，将会由原先9点10分提前到8点10分起飞，整整提前了一个小时。因此预订了3月27日以后出行机票的旅客，近期要多留意航班时刻是否调整，以免耽误行程。