我国燃料乙醇行业所面临的贸易政策风险主要来自国家对于燃料乙醇的进出口关税的调整以及进口国对于燃料乙醇产品的标准的测定和要求。目前我国对燃料乙醇进口关税上调30%，保护国内燃料乙醇企业，贸易风险政策较小。
千讯咨询发布的中国燃料乙醇市场前景调查分析报告显示，燃料乙醇行业对缓解环境污染有较大的促进作用，因此环保政策风险较小。
上游行业风险是指上游行业提供的原材料价格的波动给本行业带来的风险。燃料乙醇产品的上游行业是玉米、小麦、木薯等行业，上游产品价格的波动会对燃料乙醇行业的经营带来一定的风险。
下游行业风险是指下游市场需求的波动给本行业带来的风险。燃料乙醇产品的下游主要包括中石油、中石化乙醇汽油生产企业，具有较为稳定的规划需求，因此行业下游风险基本不存在。
燃料乙醇行业所处的市场供需较为平衡，并且整个行业采取核准生产、定向流通、封闭运行。因此整个行业供需风险较小。
燃料乙醇价格主要根据乙醇汽油价格来定，价格波动较小，价格风险较小。
目前，由于燃料乙醇生产企业是定点生产的9家企业，各企业在政府支持下不断提升工艺，增加产量，竞争风险较小。
企业内部风险，主要取决于资金周转、销售区域、生产技术等几方面。资金周转困难将为企业经营带来很大的风险；销售区域过渡集中，则面临产品销售风险；生产技术低下，则面临企业产能不足，产品市场竞争力弱的风险。
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