现在许多地方都在不约而同地采用多种不同模式的间作套种。为达到更好的增收效果，在间作套种的过程中应注意一些问题。间作套种也可称为立体农业（农业项目可行性研究报告），是充分利用种植空间和资源的一种农业生产模式。一般把几种作物同时期播种的叫间作，间作作物的共生期至少占一种作物的全生育期的一半；不同时期播种的叫套种，在前季作物生长后期的株行间播种或移栽后季作物的种植方式也叫套种，套种作物的共生期较短，一般不超过套种作物全生育期的一半。间作套种的作物，植株应能高矮搭配，这样才有利于通风透光，使太阳光能得以充分利用。如玉米与大豆或绿豆的间作。间作套种的作物对病虫害要能起到相互制约作用。如大蒜套种玉米，大蒜分泌的大蒜素能驱散玉米蚜虫，使玉米菌核病发病率下降。
根系应深浅不一。即深根系作物与浅根系喜光作物搭配，在土壤中各取所需，可以充分利用土壤中的养分和水分，促进作物生长发育，达到降耗增产的目的。如小麦和豆科绿肥作物的间作。圆叶形作物宜与尖叶形作物套作，这样可避免互相挡风遮光，提高光能利用率。如玉米与花生的间作。主副作物成熟时间要错开，这样晚收的作物在生长后期可充分地吸收养分和光能，促进高产。同时错开收获期，可避免劳力紧张，又有利于套作下茬作物。如玉米间作红薯，主作物玉米先收，副作物红薯后收。枝叶类型宜一横一纵。株形枝叶横向发展与纵向发展间套作，可形成通风透光的复合群体，达到提高光合作用效益的目的。如玉米和红薯的间作。品种双方要一互一利。也就是要利于双方发育生长、互利共生或有利于一方，但不损害另一方的生长。例如玉米套种大豆，大豆的根瘤菌可为玉米提供氮肥，而玉米分泌的无氮酸类，则是大豆根瘤菌所喜欢的基质。种植密度要一宽一窄。一种作物种宽行，另一种作物种窄行，这样便于通风，保证增产优势。如玉米套种蚕豆，蚕豆窄行，玉米宽行。缠绕型作物与秆型作物有机套作时，能节约架条、省工省钱。如玉米和黄瓜间作，可用玉米秸秆替黄瓜架条，让黄瓜缠绕在玉米秸上，还能减轻或抑制黄瓜花叶病。