酸马奶主要具有食用和医疗价值。酸马奶疗法，是蒙医传统饮食疗法之一。是用新鲜马奶经过发酵制成的一种保健饮品，可辅助治疗一些疾病，所以蒙医还称它为治疗疾病的良药。
酸马奶，在内蒙古有着深厚的文化底蕴，《中国酸马奶行业发展研究报告（2016）》显示，目前要实现这一古老而又新颖的保健发酵乳的产业化发展，仍然存在许多障碍：
第一，马奶来源紧缺：①因为马的产奶量低，蒙古马作为内蒙古的主体马种，其平均一天产奶量约3kg；②因为马匹数量少，目前，内蒙古用来生产酸马奶的少之又少；
第二，没有足够大的市场：①因为生产的酸马奶量太少，广大消费者没有机会接触到酸马奶，②因为酸马奶保质期短，不能长距离运输；
第三，酸马奶业产业化组织形式和产业链条不完善；①除了散户牧民自己制作外，几乎没有专门生产酸马奶产品的企业，像蒙牛等专门加工牛奶产品；②没有专供产奶马食用草料的饲料企业；
第四，生产方式局限，目前，酸马奶的制作方式仍然保持传统的方法，加工工艺和包装工艺较为落后，保质期短的问题也没有解决；
第五，传统医学更多的是重视酸马奶的疗效，却没能从理化及微生物水平上解释其医疗作用，这也是酸马奶不能被现代医学广泛接受的原因；
第六，没有专门的质量控制，检测和管理部门及法规。
目前，市场上的酸马奶及其制品的市场规模并不大，但总体上呈现持续增长态势。2010年，我国酸马奶市场规模约1.7亿元，2011年我国酸马奶市场规模约2.0亿元，同比增长17.65%；2012年，我国酸马奶市场规模约2.4亿元，同比增长20.00%；2013年，我国酸马奶市场规模约3.1亿元，同比增长29.17%；2014年，我国酸马奶市场规模约3.9亿元，同比增长25.81%。