新疆机采棉均是将原有的手摘方式的棉花按照机采的要求进行种植，始果始节位低、株型松散、成熟期较松散、纤维短、质量较差，不是机采棉的最佳选择品种，在品种选择与新品种选育上有很大提升空间。为促进棉花质量提升，提高我国棉花的整体可纺性，报告建议继续完善宏观调控政策，一方面依托深化改革三年新疆棉花目标价格每吨18600元的水平鼓励棉农种植高品质、高质量的棉花，引导棉花生产向优势产区集中，发展规模化种植、专业化管理的新模式，充分发挥市场资源配置作用。
千讯咨询发布的《中国棉市场前景调查分析报告》显示，要加大棉花质量事中事后监管力度，进一步健全棉花加工抽检、预警机制，健全质量追溯体系，加强棉花加工企业诚信体系建设，加大违法责任追究力度。同时要通过市场的良性竞争过滤“两小一土”加工企业，引导形成与质量挂钩的棉花价格，以纺织企业需求倒逼出好棉花。
同时加强棉花质量大数据与其他行业的结合与应用，尤其是要推进政府部门、行业协会、相关机构之间的沟通协作，积极推动棉花产业信息大数据平台建设，研究棉花公证检验结果在纺织配棉中的应用、公证检验证书与现代物流的结合、公证检验结果的“大数据”应用与质量分析等。
此外，由于目前棉花企业中中小企业偏多，对于品牌建设存在着较大程度上的盲目性，建设现状很不理想，企业品牌的影响力很低，因此，要引导和帮助加工企业树立品牌意识，提升品牌质量，放大品牌效应。一是树立优质棉花、优秀加工企业品牌效应。通过市场筛选，培育质量信誉好的龙头企业，逐步建立质量品牌，增强产品竞争优势，提升宣传效应，树立典型示范，在全国范围内引领棉花质量提升，增强市场竞争力。
二是国家相关棉花政策多向400型企业倾斜。引导加工企业不断完善管理模式，提升企业文化，增强创新意识，提高产品质量，自动淘汰掉产品质量差、管理方式落后、加工设备不完善、存在安全隐患的企业。三是推广利用现有棉花品牌。加大品牌棉花的宣传力度，严格规范质量信誉登记流程，推广在生产、加工、仓储、物流、纺织等一系列环节保护经品牌认定的棉花，开通品牌棉绿色通道，保护经市场认定的优质品牌棉。