国家棉（棉项目可行性研究报告）花市场监测系统于2016年11月份统计显示，2016年中国棉花平均单产111.2公斤/亩，同比增加9.2%。按照中国棉花实播面积4384.5万亩测算，预计总产量在487.7万吨，同比减少6.5%。新疆自治区棉花实播面积2904.5万亩，同比减少6.3%，平均单产131.3公斤/亩，同比增长10.9%，产量381.4万吨，同比增长3.9%。可见不仅新疆棉总产量占全国比重高达78.2%，而且棉花亩均单产也高出全国平均水平18.1%。
现在中国棉花生产格局已经由长江流域、黄河流域和新疆三足鼎立的格局转变为新疆一家独大。今年中央一号文件强调要优化经济作物的品种品质和区域布局，那么内地棉花生产能否止住下跌的趋势。由于市场原因，近两年棉花价格游走在低位区间，棉农植棉收益不高甚至出现亏损，全国面积和产量都不同程度出现下降，即便在补贴的条件下，新疆也未能止住植棉面积减少的趋势，并且这种局面在继续扩大。
有关专家表示，新疆地区有时会出现倒春寒，还有棉花成熟时期突然出现降温，都会对棉花造成很大危害，不能把宝押在一个地方，如果哪一年碰上自然灾害，整个产业就会受到很大影响。我国棉花生产重点在向西部倾斜的同时，无论从棉花产业安全还是农业生态出发，都要考虑黄河流域、长江流域和新疆三个棉区的平衡发展，农业生产不能违背自然规律。综合气候、生态和生产规模等各种因素，西北内陆棉区承担50%-60%的生产能力，长江流域和黄和流域棉区承担40%-50%的生产能力是符合科学的。
虽然2016年国内棉价企稳回升，棉农植棉收益增加，但由于多种因素影响，内地想要稳住棉花生产局面从而和新疆地区形成分庭抗礼之势暂时存在较大困难。