2016年，新疆棉（棉项目可行性研究报告）花种植面积3245万亩，占全国种植面积的58.5%；单产每亩126.7公斤；预计总产411万吨，占全国的71%。棉花播种面积、总产、单产继续稳居全国首位。从量的角度来看，新疆棉花在全国的地位不容置疑。然而，从质的角度来说，新疆棉花还面临不少问题。2014年之前国家实行棉花临时收储政策，农民种的棉花不管质量如何，全部由国家收购。
2014年实行棉花目标价格改革后，新疆棉花价格逐步与市场接轨，长期积累的棉农只重数量不重质量的问题便突显出来。新疆棉花产业化经营水平偏低。地方棉花生产，大多以小家小户的分散经营为主，发展棉花专业合作社开展适度规模经营比较困难。龙头企业的品牌引领作用还比较弱，订单生产规模依然较小。
实行临时收储政策时，新疆棉农不需要直接与市场对接，所以棉农种棉只重衣分和产量，而对纺织企业看重的纤维长度、强度和马克隆值等可纺性指标重视不够，导致新疆棉花品质，难以满足棉纺织企业的用棉需求。